おはようございます。
個人商店の方は国民保険に加入している方も多いと思いますが、お店が健康保険に加入して健康保険に入る場合とどちらがお得になるのでしょうか？

健康保険は、厚生年金は半額が会社負担ということになっていますので、保険料負担額は国民健康保険より安くなることが多いですね。
扶養家族がいても、本人の給与の額で保険料が決まるので、人数が増えても保険料は変わりません。
お店が健康保険に加入した場合は、会社負担分の経費は増えてしまいます。（加入条件があります）

国民健康保険に加入されている方は、全額自己負担ですので、保険料は高くなります。国民年金も別に支払うことになりますので、さらに負担は増えてしまいます。
所得金額と加入人数で保険料が決まるので、扶養人数が増えれば一人加入より保険料は高くなります。
お住まいの市町村によって金額は変わってきます。

健康保険は、治療のために仕事を休んだときに支給される「傷病手当金」等もあるので、給付の面では健康保険の方がお得かもしれません。

給与の額や扶養人数によってどちらがお得かは変わってくるので、ご興味あるかたはお住まいの市町村に聞いてみて下さいね。